Porém, os problemas de divergência doutrinária e de ideologia foram aumentando com os séculos, à medida que a seita crescia e se formava a Igreja. Foi nesse contexto histórico que as vozes discordantes em relação a ortodoxia – a qual se proclamava a herdeira da tradição apostólica - foram cada vez mais estridentes, até provocar grandes cismas e heresias. A seguir oferecemos um catálogo das principais heresias da Antigüidade, até o século VI, com a condenação do Orígenes por parte do imperador Justiniano.
Nas primeiras décadas de existência do cristianismo, o próprio apóstolo Paulo teve que lutar com cristãos que não viam com bons olhos o batismo e aceitação, nas primeiras comunidades cristãs, de pagãos que não seguiam os ritos próprios da Lei mosaica, e em especial da circuncisão. Existia, pois, desde o início e sobretudo em Jerusalém, uma corrente que representava a vertente mais tradicionalmente judia, matriz de que procedia a nova comunidade espiritual. Existiram vários tipos de cristãos judaizantes no século II, como os Ebionitas, os Nazarenos, e correntes que tinham sua origem em idéias judaizantes, como o Milenarismo e os Elcasaítas.
Os Ebionitas foram a facção mais radical, partidários de uma estrita observância da Lei mosaica, que consideravam Jesus como um homem que chegou a ser "Cristo" (o Messias ou o Ungido, o que era sinônimo do Rei do Israel) por sua fidelidade à Lei. Os Ebionitas dispunham de um próprio Evangelho, que tinha ao Evangelho de Mateus como referência. Entretanto, omitia o relato da infância do Jesus, pois os Ebionitas negavam o nascimento virginal, sendo que, para eles, a união de Jesus com o Espírito se produziu no batismo. O Evangelho dos Ebionitas foi composto na primeira metade do século II.
Em princípios do século II também foi composto o Evangelho dos Nazarenos, que fora escrito em aramaico ou siríaco, muito próximo a escrita do Evangelho de Mateus. Este evangelho era utilizado por uma comunidade judaizante de fala aramaica, na região da Ásia. Desta época é o Evangelho dos Hebreus, que também tinha conotações judaizantes, mas de uma comunidade egípcia.
Entre as idéias judaizantes dos dois primeiros séculos do Cristianismo, encontramos o Milenarismo ou Quiliasta, baseado no Apocalipse. Muitos cristãos acreditavam na iminente restauração messiânica do Reino dos mil anos, que Cristo presidiria, com o correspondente julgamento final. Estas idéias se plasmaram no Apocalipse sírio do Baruc e no livro de IV Esdras, mas também aparecem com mais ou menos intensidade entre muitos autores e escritos mais ortodoxos, como por exemplo, na Epístola do Barnabé, ou nas obras de Justino ou Irineu.
Uma seita milenarista que se estendeu a Roma nos princípios do século II foi a dos Elcasaítas, seguidores do Alcibíades da Apaméia, que pregava a mensagem contida no Livro do Elcasai, um profeta palestino que propunha um batismo muito complexo e certas penitências, que lhe tinha sido revelado através de uma visão. O Elcasítismo tinha também alguns componentes pagãos, de tipo fundamentalmente ritual.
Desde o começo, o Cristianismo carecia de uma opinião unânime sobre a natureza do Jesus, pois a idéia de sua divindade se associava com dificuldade com as idéias mais judaizantes sobre o Deus único, ainda que fosse de mais fácil aceitação pelos pagãos conversos. Já nos próprios Evangelhos não se encontra uma unidade clara de critério sobre a divindade de Jesus.
O Evangelho de João e o de Marcos não nos falam da infância do Jesus, e tudo parece indicar que foi partir do batismo que se produziu a união entre o Espírito e o homem Jesus. Esta última tese é a que aceitavam os Adocionistas, corrente que mantinha que no batismo, Deus tinha adotado Jesus como seu Filho. Outra corrente, conhecida como Docetismo, considerava que o corpo do Jesus não era real, mas somente aparente. Essa seita foi rebatida nas Epístolas de João, que afirma: "quem não confessa que Jesus veio em carne é o espírito do anticristo". Esta corrente considerava que Jesus gozava de um corpo aparente, pois sua divindade lhe impedia de mesclar-se com o perecível.
No século II apareceram vários autores que defenderam teses docetistas, subordinacionistas e adocionistas, como Noeto da Esmirna, que não podia aceitar que o Pai e o Filho fossem pessoas diferentes, e por isso em Cristo se encarnava o próprio Deus, mas só como projeção. Práxeas defendeu uma tese conhecida como Monarquianismo, pois Deus é monarca único, e é quem se encarnou no Filho. Desse modo, foi o próprio Deus quem sofreu paixão e morte na cruz. Uma idéia oposta, mas apoiada igualmente na unidade de Deus, é o Adocionismo de Teódoto e Artemón, que mantinham que Jesus foi um homem adotado por Deus como instrumento de salvação, já que Deus não podia relacionar-se com a carne. Sabélio foi o continuador de Noeto em Roma, pois para ele Pai e Filho não são mais que modos ou aspectos de uma mesma personalidade, pois Deus se manifesta como Pai na Criação e como Filho em seu papel de salvador. O bispo de Roma condenou a Sabélio e a seus seguidores, chamados de "Modalistas", como hereges. A disputa não fou resolvida até a implantação de uma fórmula intermédia: o Concílio de Nicéia determinou que o Pai, o Filho e o Espírito Santo eram uma única substância e três pessoas (um homoousion e três hipóstasis).
Havia na Samaria um profeta ao que chamavam "Simão o Mago", de que falam os Atos dos Apóstolos 8.9-24, e de que dizia que tinha redimido a sua companheira, uma ex-prostituta, encarnação da Sophia. Os Simonianos e os Bardesianos, seguidores do Bardesanes, filósofo aramaico, aproximam-se da grande heresia do século II, o Gnosticismo.
O Gnosticismo se trata de um complexo vigamento de mitos e crenças, de que participaram distintas Escolas, e que tinham como comum denominador uma Gnosis. Os Gnósticos se opunha radicalmente à entidade divina do Antigo Testamento, e por isso representam o pólo oposto ao cristianismo judaizante, sendo que representavam uma opção culta e helenizada dentro do Cristianismo. Tal tipo de Cristianismo se aproxima dos Mistérios pagãos e, sobretudo, do sincretismo filosófico da época. Simonianos, Bardesianos e Fibionitas foram três seitas, próximas ao Gnosticismo, que mantiveram complexas cosmologias e certo componente gnostico, como via de salvação.
O Maniqueísmo, por sua vez, foi criado pelo profeta persa Mani no século III. Esse autor escreveu seus próprios textos, e teve grande difusão desde a Pérsia ao Extremo Oriente, e também ao Ocidente, chegando até a Espanha e a Gália. De forte influência zoroástrica, Mani falava de dois princípios antagônicos, a Luz e as Trevas; no Cosmos se mesclam ambos os princípios, que também se encontram no homem, e por isso este deve despertar à Luz, por meio de uma certa gnosis e um determinado comportamento de vida.
O Montanismo é a última grande heresia dos séculos II e III; Montano, de origem frigia, fundou junto a duas profetisas, Prisca e Maximilla, um movimento profético, que se propõe a realizar uma renovação no Cristianismo frente ao iminente fim do mundo. Propunha uma vida ascética apoiada em jejuns e abstinência sexual, convidando seus ouvintes a uma resignada disposição para o martírio. O Montanismo se estendeu por todo o Norte da África, e conquistou para suas filas a Tertuliano, um dos grandes Pais da Igreja. Sua rigorosidade terminou por gerar uma importante disputa sobre a impossibilidade de redenção dos pecados depois do batismo, que terminou afastando o Montanismo do cristianismo ortodoxo.
O século IV começa com a grande disputa trinitária, quando surgiram grandes heresias orientais sobre a questão cristológica. Ário foi o promotor da primeira grande disputa. Desenvolveu uma teologia trinitária subordinacionista, segundo a qual, Deus, único e indivisível, não pode compartilhar sua essência (ousía) com outra pessoa, e por isso o Filho não pode ser da mesma substância que o Pai. Para Ário, Deus é princípio (arché) e Cristo, o Logotipos, sendo engendrado, a primeira e superior das criaturas, criado fora do tempo, de absoluta perfeição, mas não compartilhando nem da eternidade nem da essência do Pai. O Espírito é a primeira criatura engendrada pelo Filho. Desse modo, essa vertente discordava da ordem de hierarquia entre as três entidades divinas, que formam a Trindade.
As teses de Ário foram condenadas no primeiro Concílio Ecumênico, celebrado em Nicéia no ano 325, sob a presidência do Imperador Constantino. Em dito Concílio se estabelece o Símbolo da Nicéia, que ainda se reza como o Credo católico, no que se afirma que há um só Deus, Pai, e o Filho, da mesma natureza que o Pai (homooúsios).
O Arianismo teve uma grande difusão, e não desapareceu depois do Concílio da Nicéia, pois o Imperador Constâncio favoreceu a esse segmento, tendo inclusive nomeando a um deles, Eusébio da Nicomédia, Patriarca de Constantinopla. O problema era a aceitação do termo homooúsios, o qual foi o responsável por uma disputa que ainda durou alguns anos. Ainda assim, o Arianismo conseguiu estender-se entre as monarquias góticas européias. Foram os três grandes teólogos capadócios: Basílio de Cesárea, Gregório Nacianceno e Gregório de Nisa, quem pôs fim a essa disputa, e conseguiram impor a formula "uma natureza, três pessoas" (una ousía treîs hypostáseis). Teodésio o Grande convocou o I Concilio Ecumênico de Constantinopla, onde se confirmou o credo da Nicéia, condenando definitivamente o Arianismo e as heresias afins.
Outras duas grandes controvérsias trinitárias foram: o Macedonismo, promovida por Macedônio, bispo de Constantinopla, que negava a divindade do Espírito Santo de forma subordinacionista. Foi condenada no Concílio de Constantinopla, onde foi confirmada a divindade do Espírito Santo; e o Apolinarismo, que seguia as tese de Apolinário de Laodicéia, teólogo inimigo das teses arianas e defensor da divindade de Cristo; esta heresia introduz a questão cristológica, que será debatida nos próximos Concílios Ecumênicos, contra o Nestorianismo e o Monofisismo. Para Apolinário, o Logotipos se encarna em um corpo e uma alma humana, mas sem a parte racional, sendo que no homem Jesus haveria uma inteligência e vontade divina; esta tese foi defendida pela Escola da Alexandria, representada por Cirilo e mais tarde pelos Monofisistas. Teodoro da Mopsuéstia e João Crisóstomo, representantes da Escola de Antioquia, opuseram-se ao Apolinarismo, no I Concílio de Constantinopla. Aqui começava a batalha entre as duas grandes Escolas Catequéticas da Alexandria e Antioquia.
A disputa sobre a natureza do Cristo enfrentava duas visões distintas sobre a alma humana, uma visão platônica sobre as três classes de almas encerradas em um corpo, e uma visão aristotélica segundo a qual a alma é a substância do corpo. Estes dois pontos de vista permitiam interpretar a encarnação do Logotipos de duas maneiras distintas: a primeira uma cristologia descendente, em que o Logotipos se faz carne (Lógos-sarx); e a segunda uma cristologia ascendente, onde o homem é assumido pelo Logotipos (Lógos-ánthropos). A Escola da Alexandria assumiu a cristologia descendente, que finalmente acabou se impondo, enquanto que a Escola da Antioquia, com o Teodoro da Mopsuéstia à cabeça, mantinha que a união entre o Logotipos e homem é uma conjunção (sináfeia), o que deixava claro que não havia mescla de naturezas. No ano 428, o imperador Teodosio II nomeia ao Nestório Patriarca de Constantinopla. Nestório, orador ardente, combateu do púlpito a popular concepção da Maria como "mãe de Deus" (theotocos); da teologia antioquena, Maria só podia ser mãe de Cristo, não do Logotipos que lhe é anterior. Cirilo de Alexandria, apoiando-se em teses próximas ao apolinarismo, mantinha que Cristo tinha uma única natureza, porém também tendo corpo e alma humanos - tese que conseguiu se impor e predominar no Concílio de Éfeso do ano 431, o que custou a condenação e deposição de Nestório.
A polêmica continuou uma geração mais tarde, mas dessa vez a ameaça de heterodoxia provinha da Alexandria, que tinha aceito a interpretação radical do Eutiques das fórmulas do Cirilo, e afirmava que em Cristo só havia uma única natureza, e que da união do Logotipos e o homem, fundiam-se e mesclavam as duas naturezas em uma só. Eutiques foi condenado pelo Patriarca Flaviano de Constantinopla.
No ano 451 se celebrou o Concílio da Calcedônia, que pretendia pôr paz entre as duas tendências radicais: o nestorianismo antioqueno e o monofisismo alexandrino, confirmando o Símbolo da Nicéia, e estabelecendo que em Cristo havia duas naturezas completas, sem confusão, sem mescla, e sem que a diferença de naturezas desaparecesse pela união. A Fórmula da Calcedônia foi aceita como dogma oficial, e o Nestorianismo e Monofisismo foram condenados. Entretanto, nem todos os imperadores foram partidários das teses da Calcedônia, o que permitiu uma certa expansão sobretudo do Monofisismo. Os Nestorianos se transladaram a Pérsia, onde constituíram uma igreja independente.
O imperador Hereclio I (610-641) interessou-se pela unidade da Igreja, e tentou encontrar uma fórmula que pudesse ser aceita por calcedonianos e monofisistas, fórmula que se denominou "Monotelismo", reconhecendo que em Cristo houve uma só vontade. Essa doutrina, que se impôs durante algum tempo, foi retificada pelo III Concílio de Constantinopla, ainda que, durante o reinado do imperador Constantino IV Pogonato, tenha se condenado o Monotelismo, declarando que em Cristo havia duas naturezas e duas vontades, sempre concordantes, no sentido de que a vontade humana seguia à divina.
Enquanto no Oriente se debatiam as questões trinitárias e cristológicas, no Ocidente se suscitavam também outras importantes disputa contra duas grandes heresias: o Pelagianismo e o Donatismo, combatidas por Agostinho de Hipona. Cabe citar também a heresia Priscilianista, que se baseava nos ensinamentos do primeiro mártir da heterodoxia: Prisciliano. Pelágio, natural da Britânia, pregou suas doutrinas pelo Norte da África, no feudo de Agostinho da Hipona, opondo-se às doutrinas deste, especialmente a aquelas que se referiam ao pecado original, que tanto preocupava ao Agostinho. Pelágio e Agostinho mantiveram uma polêmica sobre o pecado original, em duas obras: Sobre a Natureza, de Pelágio, e Sobre a Natureza e a Graça, do Agostinho. O juiz dessa polêmica foi um Papa, que resolveu excomungar ao Pelágio, e Agostinho venceu a disputa.
O Donatismo, por sua vez, foi um movimento de renovação cismático, que mantinha uma estrita e austera concepção do pecado e sua impossibilidade de redenção depois do batismo. Donato foi bispo de Cartago, onde combateu todos os cristãos que tinham apostatado da fé para evitar o martírio, e mantinha a impossibilidade de que estes repartissem sacramentos. Nesse contexto, Agostinho da Hipona criou a fórmula que se impôs de modo predominante no pensamento cristão da época: o sacramento tem valor "ex opere operato" (pela ação mesma), e não "ex opere operantis" (pela ação de quem o reparte).
O Priscilianismo é também um movimento de reforma, que basicamente propunha o retiro da vida mundana, para uma vida mais ascética e contemplativa; tratava-se de voltar para um cristianismo original, incluindo práticas como continência, jejum e pobreza. O Priscilianismo foi visto como uma ameaça para a Igreja predominante, pois pregava a perda do poder, sobretudo eclesiástico, que na época era enorme. Com falsas acusações e por razões de oportunidade política, Prisciliano foi acusado de herege e julgado, sendo o primeiro mártir da heterodoxia cristã.
Por fim, é curioso salientar a condenação, no ano 543, de Orígenes e de seu Origenismo. Foi o imperador Justiniano, que tinha fechado a Academia de Atenas e tinha proibido aos pagãos ensinar filosofia, promulgando um decreto em que enumerava os enganos do grande teólogo cristão Orígenes, para pôr fim a certas disputas e especulações de alguns monges ilustrados.
