O protestantismo tem uma história longa e complexa no Brasil, cheia de começos e paradas, crescimento e estagnação, transformações políticas e sociais. As primeiras manifestações do protestantismo tiveram vida curta. Os calvinistas franceses e holandeses que competiram com os portugueses católicos pela supremacia no Novo Mundo durante os séculos XVI e XVII finalmente se retiraram derrotados, dando lugar a um projeto colonial português que proibiu efetivamente todos os não-católicos do Brasil. O protestantismo não estabeleceria uma presença permanente no Brasil até depois de 1810, quando a Coroa Portuguesa assinou tratados com a Grã-Bretanha que abriram portos brasileiros ao comércio britânico e permitiram que estrangeiros, principalmente anglicanos britânicos, viessem ao Brasil e praticassem sua fé.
O estabelecimento de igrejas anglicanas no Brasil marcou o início do que os estudiosos chamam de protestantismo imigrante (protestantismo de imigração ), a primeira das três vagas de protestantismo no Brasil. Ao longo do século XIX, incentivados pelas políticas do Império Brasileiro de promover a imigração européia, novos grupos de imigrantes como os luteranos alemães trouxeram sua fé quando chegaram ao Brasil. Embora as comunidades protestantes imigrantes tenham estabelecido igrejas em todo o país, sua influência social foi limitada pelo fato de que seu principal objetivo não era proselitizar e converter católicos brasileiros, mas manter a fé e as tradições da religião e cultura das próprias comunidades imigrantes. Quando a imigração dos países protestantes majoritários diminuiu no século XX, a importância das denominações associadas ao protestantismo imigrante, como o luteranismo, diminuiu também.
O protestantismo se tornou uma força social no Brasil com a ascensão do protestantismo missionário (protestantismo de missão), quando missionários americanos e britânicos de denominações protestantes históricas - congregacionalistas, metodistas, presbiterianos e batistas - começaram a evangelizar ativamente no Brasil, procurando explicitamente converter católicos brasileiros e estabelecer igrejas de língua portuguesa em todo o país. Enquanto os metodistas estabeleceram um projeto missionário de curta duração em 1835, as primeiras atividades missionárias permanentes não começaram até 1855, quando um congregacionalista escocês, Robert Reid Kalley, começou a pregar e fundar igrejas no Rio de Janeiro.
Os missionários presbiterianos (PCUSA) se seguiram em 1859, e a primeira congregação metodista entre os brasileiros foi fundada em 1876. Os eventos nos Estados Unidos também aceleraram o trabalho protestante dos EUA no Brasil. Após a Guerra Civil dos EUA, ex-confederados descontentes com o resultado da guerra decidiram emigrar,procurando novas terras que seriam mais hospitaleiras para suas visões políticas e sociais. O Brasil, onde a escravidão ainda era legal e Dom Pedro II incentivava a imigração de europeus brancos e norte-americanos, era uma escolha óbvia. Quando os confederados estabeleceram colônias em São Paulo e na Amazônia, nas décadas de 1860 e 1870, apelaram às suas congregações locais para assistência religiosa. Assim, nas décadas de 1860, 1870 e 1880, os presbiterianos do sul, os metodistas do sul e os batistas do sul começaram a enviar missionários ao Brasil.
Enquanto inicialmente se concentraram em atender às necessidades religiosas dos colonos confederados, os missionários rapidamente expandiram suas atividades de evangelização para outras cidades e estados, especialmente no Norte e Nordeste. No início da República Brasileira em 1889,todas as principais denominações protestantes estavam presentes no Brasil. No entanto, seus números ainda eram pequenos, representando apenas 1% da população total brasileira.
Os números e a influência dos protestantes brasileiros começaram a crescer mais rapidamente na primeira metade do século XX, em parte devido à introdução da terceira e última onda do protestantismo: o pentecostalismo. Em 1910 e 1911, as duas primeiras igrejas pentecostais, a Congregação Cristã no Brasil e a Assembléia de Deus, foram estabelecidas no Brasil. Enquanto a Congregação Cristã permaneceu confinada em grande parte ao sul do Brasil nas primeiras décadas, a Assembleia de Deus se espalhou rapidamente por todo o país. A Assembléia de Deus foi fundada por dois batistas suecos que começaram a evangelizar brasileiros, muitos dos quais eram trabalhadores migrantes do Nordeste, nas regiões de seringueiras da Amazônia em 1911.
Quando o mercado de borracha entrou em colapso na década de 1910,um grande número de novos convertidos pentecostais retornou a suas cidades natais no nordeste e fundou suas próprias congregações pentecostais. Dessa forma, a Assembléia de Deus se espalhou de norte a sul, sendo o Nordeste uma área específica de crescimento. No início do século XX, o Brasil estava vendo todos os três tipos de protestantismo - imigrante, missionário e pentecostal - ganhando posição em quase todas as regiões do país.
